目前，我国煤炭税费制度存在的主要问题是税费负担过重、各种收费太滥、税“费”化严重。
税费负担过重1994年税制改革造成煤炭企业税负过重已是不争的事实，为此国家曾为煤炭企业减负。按照国务院批示，1995年财政部对原中央财政煤炭企业因税制改革多缴的增值税实行每年定额返还17.1亿元的政策。1998年，煤炭部撤销，原部属煤炭企业下放地方管理后，该项政策继续执行，但早已名存实亡。
在我国产业分类目录中，煤炭开采和洗选业归属工业类。按公平赋税原则，其在做各项抵扣后的增值税税率应与工业企业平均税率大致相同。但统计结果表明，煤炭开采和洗选业的增值税税率大大高于工业企业增值税税率。2011年全国煤炭开采洗选业增值税实际税率为7.5%，而同年全国规模以上工业企业增值税实际税率为3.12%，二者相差4.38个百分点；与1995年实施增值税初期相比，全国规模以上工业企业增值税税负下降29.05%，而煤炭开采和洗选业仅微降1.55%，下降幅度相差27.5个百分点。
从与相关产业的比较看，煤炭产业税负也处于较高水平。我们用主要税种（营业税及附加、增值税、企业所得税）与营业收入之比作为综合税负水平的指标分析充分证明了这一点。2003年至2011年，煤炭开采和洗选业年均税负水平为11.76%，而同期黑色金属矿采选业、有色金属矿采选业、化学原料及化学制品制造业、电力热力生产和供应业分别为10.05%、7.31%、4.92%、7.10%.一般来说，煤炭企业税收应与产业增长速度成正比，然而事实并非如此。规模以上煤炭开采和洗选业企业的主要税收总额从2003年的265亿元增加到2011年的3779亿元，增加了13.26倍，而同期煤炭工业总产值仅增加10.76倍。
我国加入世界贸易组织（WTO）后，中国煤炭产业成为世界煤炭产业的一部分。按WTO规则，各国相同产业的税负应大致相同，但事实是中国煤炭产业的平均税负高于其他产煤国家的税负。2010年我国煤炭企业税负水平为12%，同期国外矿山企业税负水平均比我国低，加拿大魁北克为6.5%、安大略为10.5%、不列颠哥伦比亚为9%，美国亚利桑那州为6.5%，澳大利亚为10.5%.各种收费“多如牛毛”
在市场经济条件下，政府为提供公共产品、服务或赋予某种权利直接向受益者收取部分费用是必要的。随着改革开放的不断深入，市场经济的不断发展，我国政府从1986年收取港口建设费始，各项收费与日俱增，收费标准不断提高，其中尤以煤炭产业为甚，有些媒体曾用“多如牛毛”来形容。事实上，目前我国已经形成名目繁多与行政级次相一致的多层次的“煤炭收费网”。我们对煤炭企业需要缴纳的88种收费项目（包括基金）做了统计分类，其中：资源环境类25种，经济建设类4种，行业管理类6种，市场行为类6种，企业发展类2种，社会功能类10种，交通运输类35种。诸多的收费项目，有的是中央政府依照法律程序合规设置的；有些收费项目是地方政府按中央政府或有关部门的精神结合地方实际设置的；还有一些特权部门、垄断行业甚至社会组织巧立名目，设置收费项目。例如，公安部门设置的炸药安保费、铁路部门设置的点装费、武装部设置的民兵训练费。
众所周知，上市公司披露的信息相对是最可信的。13家煤炭上市公司，虽不能反映全国煤炭产业的收费情况，但其代表性不容置疑。对整个产业而言，上市公司目前仍是少数，而且大多数是集团公司的子公司，由此可以推出，就全产业而言，其收费数额比重肯定会高于该统计分析结果。
税“费”化严重税“费”化，是指本应以税收形式形成的政府收入，却大量采用收费形式。
在社会经济实践中，一般对自然资源与生态环境的开发和利用大都采用税收形式。例如，作为一种稀缺并不可再生的公共自然资源，煤炭资源的勘探开采利用，均应向代表全体人民利益的国家缴纳资源税。但是，在我国现行的煤炭资源税费制度安排上，主要采取资源费的形式，费种达到6种之多，税费比率也是费占大头。
2000年全国煤炭开采应缴纳的资源税是资源补偿费的2.68倍，税多于费；2008年，资源税增长了0.93倍，资源补偿费增长了10.36倍，演变成费多于税。
部分产煤省区的情况也能说明，以资源税、资源补偿费为例，内蒙古分别为每吨2.3元、2.1元，贵州分别为2.5元、3元，陕西分别为3.2元、4元。若加上资源价款等其他几项，资源费总额要几倍于资源税。
再如生态环境保护，其无可争议的是一种公共行为，理应通过规范开征生态环境保护税来取得环保收入，而现行的税费制度却通过十几种收费方式来取得。
