2004年财政部、国家税务总局2004年7月宣布，自2004年1月1日起，将延安、榆林两市境内地方煤炭企业及成阳彬长、旬东矿区煤炭企业资源税单位税额调整为每吨2.3元。此前已宣布自2004年1月1日起将神华集团神东煤炭公司煤炭资源税税额由1.5元/吨调整为2.3元/吨。该局随后又宣布将兖州煤业股份有限公司的煤炭资源税自2004年1月1日起从每吨1.2元上调至2.4元。
2004年12月13日国税总局再次宣布，自2004年7月1日起上调山西省煤炭资源税至每吨人民币3.2元，上调青海省和内蒙古自治区煤炭资源税税额至每吨人民币2.3元。
2005年财政部、国税总局决定自2005年5月1日起对河南、安徽、宁夏、重庆、贵州、云南、福建、山东的煤炭资源税额标准进行调整。其中重庆、贵州、福建的煤炭资源税统一提高至2.5元/吨，云南除曲靖富源县提高至3元/吨外其他提高到2.5元/吨，安徽、宁夏、山东分别提高至每吨2元、2.3元和3.6元，河南除焦作矿务局、鹤壁、义马提高到每吨3元、3元和2.5元外，其他煤矿统一提高到4元。
2006年自2006年1月1日起，将湖北、广东和湖南省以及内蒙古自治区4省区的煤炭资源税适用税额分别提高至每吨人民币3元、3.6元、2.5元和3.2元。
自4月1日起，陕西、江苏、江西和黑龙江4个省的煤炭资源税上调。国家税务总局发布公告称，陕西省煤炭资源税适用税额标准统一提高至每吨人民币3.2元；江苏省提高至2.5元；江西省提高至2.5元；黑龙江省提高至2.3元。
自7月1日起上调甘肃省的煤炭资源税至每吨人民币3元。
自9月1日起，将辽宁省煤炭资源税适用税额标准统一提高至每吨人民币2.8元，将河北省煤炭资源税税额标准统一提高至每吨人民币3元，将吉林省税额标准统一提高至每吨2.5元，将四川省税额标准统一提高至每吨2.5元。
2007年自2007年2月将焦煤的资源税适用税额标准确定为每吨8元。
2009年从2009年3月1日起，新疆煤炭（不含焦煤）资源税适用税额从每吨0.3元至0.5元提高到每吨3元。
