1.设立权利金。我国应该取消资源税及资源补偿费，而采取国际上比较通行的权利金制度来体现国家对矿产资源的所有权。最好的办法是以储量征税，并将赋税与资源回采率挂钩，实行分级征收。资源回采率越低，税率越高。如果能够使我国资源回采率从平均水平的30%左右提高至国际一般水平的75%，以全国2006年煤炭总产量约23.8亿吨计算，可以避免浪费52.4亿吨煤，以全国2006年原中央财政煤炭企业商品煤平均售价301.55元计算，相当于节约15801.22亿元。提高税率至国际上的平均水平为8%一10%，同时采取浮动税率，并和资源价格绑定，可以避免因价格疯涨而使国家利益蒙受损失。
2.降低增值税。我国目前把煤炭业看作一般的产业，征收税率为13%的增值税。无法体现煤炭作为耗竭性资源的本质，也使煤炭行业实际税负高于一般加工和制造业。国外矿业发达国家如美国、澳大利亚都没有将增值税作为煤炭征税的主要手段。因此，应该将增值税作为权利金的补充，在征收权利金的基础上。视具体情况确定增值税税率使得煤炭行业税负达到国内一般行业水平。并且加大对高新技术设备等的抵扣。以鼓励煤炭企业更新技术。降低对资源的浪费。
3.设立资源暴利税。借鉴某些矿业发达国家的做法。设立资源暴利税。将资源价格大幅上升而产生的大部分超额收益纳为国有。实际操作上以销量为基数乘以具体税额，税额的设定应主要参照资源的市场价格，适当参照国内其他行业的平均利润水平。资源暴利税标准应每过几年重新核准一次，但是除非价格发生重大变化，应确保该标准的稳定性，不断变化的制度会给投资者不好的印象。
4.完善税收优惠政策。总的指导思想为前期优惠、鼓励技术革新、鼓励寻找替代能源、鼓励产业集中。在前期勘查及开发阶段应适当鼓励，对勘查和开发支出的税收实行优惠处理（加速折旧、扣减、资本化、当期摊销等）；对可以提高生产技术的设备引进等也实行上述优惠以鼓励技术革新；实行耗竭补贴，在每个纳税年度中从净利润中扣除一部分给衰老煤矿，用于寻找新矿体，减轻煤炭结构调整和衰老矿区转产的负担；采取措施整顿行业，提高产业集中度，通过税收减免等措施扶持那些表现优秀的大型企业。
5.设立环境税。目前我国环境问题日益突出，征收环境税以实现可持续发展刻不容缓，应至少开征水资源税、森林草场资源税和土地资源税。还可开征空气污染等税目。计税依据应以实际生产、使用或排放量为基数，从量定额课税。税率总的原则应该从高，但不宜太复杂，对不同地区、不同企业采取差别税率。为了鼓励保护环境，可以每年从环境税中返回部分给表现突出的企业。
6.理顺地方与中央关系。体现国家对矿产资源所有权的权利金、红利及资源暴利税。应归中央所有，统一划入财政收入，再对各个相关部门进行分配；体现采矿外部成本的环境税则应归地方，并将各地权利金按一定比例再返回给地方以调动地方政府积极性。地方政府需要有效监督各矿山的计税额度即资源储量，并和国家部门一起制定税额标准。同时赋予地方政府一定权力，在一定范围内上下浮动税率。
