数年前该煤田的核心部分归属于新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区，区内分布有国家重点保护的野生动物，是我国西北最重要的荒漠生态系统和荒漠有蹄类野生动物保护区。同时还担负着遏阻新疆第二大沙漠古尔班通古特沙漠向东扩张的重任。
在花大气力固沙保护环境的同时，一些高能耗、高污染的企业，将未经处理的工业垃圾和生活垃圾，直接堆砌在荒漠里，大片宝贵的植被被破坏，带来生态危机。
现场：草木尽毁工业废料成堆
11月3日，记者在知情人的指引下，从乌鲁木齐出发，沿329国道，到五彩湾出口，沿途国道两侧绵延不绝的植被戛然而止，远眺五彩湾，往来的重型车辆扬起尘灰，一座座巨型晾水塔和烟囱星罗棋布在道路两侧，这里是煤化工、煤制气等产业为主的五彩湾产业园。
吉彩路沿途有新疆东方希望的电厂和电解铝厂，新疆宜化化工厂、神火集团等等，在东方希望电厂往西，公路两侧是一望无际的芨芨草、梭梭、骆驼刺等沙生耐旱植被，紧挨公路两旁采取了固沙处理，知情人称这片区域曾是卡拉麦里自然保护区范畴。
沿途一条条用推土机新开辟的道路，与公路垂直，像叶茎一样向保护区深处铺展开来，记者先后沿着其中4条路驶入，所经之处草木尽毁，路的尽头多是堆满工业废料。
在离东方希望厂区西约50米一条深入保护区的沙石路，记者前进约3公里多，进入一片几十亩的晾晒池，一根根金属管道伸入水池，排放着不明来源的灰白的水。围堰一侧，堆积如山的大量煤渣、煤粉及已凝结坚硬的石膏泥，覆盖了晾晒池中间大约三分之一的面积。
记者看见有5只狐狸从废渣经过，在池边嗅了嗅水，接着钻进灌木中。也能见到成群的野鹿，这些动物被倾倒渣土的大型运输车吓得惊慌失措。
一辆车身写有“宏业商混公司专用车”字样的大型密封罐车，开到池边，司机放下一根直径约15厘米的黑胶管，一股黑色的灰粉像水一样喷射出来，灰尘不一会儿形成烟雾向周围发散，黑色的尘土顺着斜坡漫延开来，最后混入水中。
面对记者的询问，司机不愿透露所服务的企业，他说因为有污染，这里现在不让倒了，厂子在不远处又开辟了一个废料倾倒池，马上就要建好了。
据新疆平安网昌吉回族自治州频道报道，昌吉回族自治州环保局执法人员与准东经济技术开发区环保局执法人员联合对新疆宜化化工有限公司环境违法行为进行了调查，发现该企业在废气、废水、废物处理等方面存在环境违法问题。
报道称，11月3日，副州长要建军对新疆宜化化工有限公司主要负责人进行约谈，要求该企业在规定期限内完成污染治理任务及建设项目竣工环保验收，如11月底前不能完成1号机组脱硝工程建设及改正其他违法行为，应责令该企业进行停产治理。
11月18日，记者拨通了新疆维吾尔自治区环保局环评处处长武新电话，咨询所见排污现象是否合规，他说“如果你说的情况属实，我可以告诉你，这肯定不符合规定，你可以把证据提供给我们，我们会按规定进行调查做出处理。”
专家：保育投入和生态价值将毁于一旦
自2005年起，为保证煤电煤化工大发展，新疆维吾尔自治区先后数次调减卡拉麦里山自然保护区面积，从1.8万多平方公里缩减到目前的1.28万平方公里，富含煤炭资源的准东地区顺理成章地被调出保护区。
据经济参考报消息，2006年卡拉麦里山自然保护区曾申请晋升国家级保护区，但由于有煤田，升格国家级自然保护区在公示阶段就遭自治区相关部门和所在地州反对，被迫放弃。自治区林业厅一位干部解释说：“因为升格后，保护区就无法随意调减了。”
中国科学院新疆生态与地理研究所研究员杨维康，在保护区曾经开展十余年的野生动物研究，2010年却结束了保护区的研究工作。
18日，杨维康以不再关注相关领域研究，谢绝了记者的采访，他短信回复说“准东开发区对野生动物干扰巨大，很难坚持开展系统研究工作，所以被迫放弃这块区域。”
虽不再从事相关研究，杨维康去年还为推动准东开发区合理开发建言献策，他撰写了《谨防准东地区煤炭开发导致生态灾难》信息，并建议严格开展环境评价，建立生态补偿机制;严明环保法令，审核地下水资源开发利用方案，坚决处罚违规企业等。他的建议得到中央领导的批示。
中科院一位专家表示，“保护区已经千疮百孔，国家过去20年的保育投入和生态价值将毁于一旦。”
