一、工艺路线比较
煤间接液化制油：
首先将原料煤与氧气、水蒸汽反应将煤全部气化，制得的粗煤气经变换、脱硫、脱碳制成洁净的合成气(CO+H2)，合成气进入合成反应器，在一定温度、压力及催化剂作用下，H2和CO转化为直链烃类、水以及少量的含氧有机化合物。生成物经三相分离，水相去提取醇、酮、醛等化学品;油相采用常规石油炼 制手段(如常、减压蒸馏)，根据需要切割出产品馏份，经进一步加工(如加氢精制、临氢 降凝、催化重整、加氢裂化等工艺)得到合格的油品或中间产品;气相经冷冻分离及烯烃转化处理得到LPG、聚合级丙烯、聚合级乙烯及中热值燃料气。
煤制甲醇制高清洁燃料：
是原料煤制水煤浆与氧气、水蒸汽反应将煤全部气化，能量充分回收产生热和电，物质转化为粗煤气经变换、脱硫、脱碳制成洁净的合成气(CO+H2)进入合成器转化为甲醇，甲醇经混床反应器高收率、高选择性制取高清洁燃料，继续回收热量。
两则的本质区别是：一是物质和能量利用不同，前者能量利用率低，后者不仅能够充分利用能量，而且能够回收水。二是前者费托合成分离工艺路线长，选择性低，副产品多。
二、投资成本比较
煤间接液化制油：
从近期媒体报道的神华宁煤投资来看，投资550亿元生产400万吨油品，其中副产品估计不低于三分之一。
煤制甲醇制高清洁燃料：
400万吨甲醇制高清洁燃料，几乎没有副产品，投资80亿元，400万吨甲醇制高清洁燃料需求甲醇1000万吨，1000万吨甲醇投资400亿元。
三、投资收益比较
由于煤间接液化制油主要是油品是重组分柴油，轻组分主要是液化气。而甲醇制高清洁燃料基本上等同国五汽油95号燃料。因此，同样是400万吨燃料，甲醇制高清洁燃料效益好得多。
四、对环境影响比较
新体系煤制甲醇制高清洁燃料，遵守了物质和能量高效、清洁、低碳，而煤间接液化在能量利用方面考虑欠佳。
五、从消耗上比较
煤间接液化制油(含气等副产品)，从报道上看每吨耗标准煤4-5吨之间，综合能效在 44%—47%。
新体系煤制甲醇制高清洁燃料，从实践上看在80%左右。
