也许是因为从今年1月开始，矿产品增值税由13%恢复到17%的缘故，在今年的两会上，一些代表、委员不仅对矿产品增值税不降反升提出了质疑，而且还针对当前煤炭行业税费负担过重的状况，热切建议推进煤炭税费整体改革，切实减轻煤炭企业负担。
3月8日，在煤炭系统两会代表、委员座谈会上，全国政协委员、中国煤炭工业协会会长王显政算了一笔账：提高煤炭资源税的征收标准后，10家煤炭企业2007年、2008年资源税分别多缴纳2.09亿元和2.05亿元；实行煤炭资源有偿使用制度，10家煤炭企业仅2007年应交探矿权和采矿权价款就高达8.32亿元；实行矿山地质环境治理保证金制度，10家煤炭企业2007年、2008年需缴纳矿山地质环境治理保证金9亿元、19.8亿元；调高土地使用税征收标准，10家煤炭企业2007年、2008年多缴纳8172万元、8858万元。煤炭增值税恢复到17%后，对煤炭企业造成的影响更为深远：以10家煤炭企业2007年和2008年两年的数据为依据进行测算，2007年和2008年两年，将增加增值税税额34.49亿元，增值税税负净增加3.25个百分点，同时增加成本费用支出2.96亿元，两者合计37.45亿元。
其实，关于煤炭行业税费负担过重问题，在这几年的全国两会上一直是代表、委员关注的热点话题之一。在今年初，增值税刚刚开始转型时，不堪重负的煤炭企业就纷纷建议，不宜提高煤炭产品增值税率。然而，由于这几年煤炭市场的红火，不仅暂时掩盖了煤炭行业税负过重问题，还给社会上造成了“煤炭行业暴利”的假象。有关部门和部分产煤省区政府相继出台了煤炭资源有偿使用、开征矿业使用费和矿业权价款、提高煤炭资源税率、推进煤炭资源税由从量计征向从价计征改革等一系列增加煤炭企业成本费用的政策和措施，并在山西省开展煤炭工业可持续发展政策措施试点，开征煤炭可持续发展基金、煤矿转产基金、环境补偿基金和资源补偿费。尤其是在今年，在金融危机不断蔓延，我国经济增速下滑，国家推出减负让利的大背景下，不仅对煤炭行业继续保留铁路建设基金、港口建设基金，还对煤炭行业提高了增值税。
也许是为了缓冲今年1月1日增值税转型后对煤炭企业的影响，2008年11月11日，在增值税转型大势已定的情况下，发改委和财政部联合下发通知，要求全面清理整顿涉及煤炭生产销售环节的收费基金。通知还特别规定在2008年11月30日前各项收费项目基金要上报发改委和财政部，由两部委出具保留或取消的决定后再由国务院审定。但由于没有配套文件，又涉及多地方政府及部门利益，此通知将来究竟能起到多大效果还拭目以待。但有一点是可以肯定的，那就是在其他收费项目没有清理的情况下，当前推出的增值税转型政策肯定使煤炭企业雪上加霜、境遇更加寒冷。
山东的一位煤炭企业相关负责人指出，矿产品增值税税率提到17%，在现阶段对煤炭企业产生了较大影响。在金融危机对实体经济的影响逐步体现，能源需求减少，煤炭价格下跌趋势不可遏制的情况下，煤炭下游行业很难接受含税价格的上涨，其增加的税负只能由煤炭企业自己承担。
中国煤炭工业协会副会长兼秘书长姜智敏代表中国煤炭工业协会，在向两会代表、委员汇报情况时十分忧虑地说，据财政部和国家税务总局对山西、河南和辽宁等省煤炭税费调查显示，当前煤炭企业税费负担已经占销售收入30%以上。如果考虑最近提高4个百分点的煤炭增值税、拟改从量计征为从价计征的煤炭资源税率（即由现行每吨3元左右，暂定按销售收入2%~5%计征，按现行价格吨煤增加7元~22元）以及正在征求意见的按吨煤征收15元～30元的资源型企业可持续发展准备基金，煤炭企业税费总体水平将超过销售收入的40%以上。加之煤炭企业承担的办社会职能和统筹外职工养老费用等，综合税费将占到销售收入的近50%，这将是任何一个行业、企业都难以承受的。
“近几年煤炭行业刚刚摆脱困境，煤矿职工工资收入还很低，煤矿生产安全标准亟待提高，煤炭经济转变发展方式任务还很繁重。”姜智敏说，“这个时候大幅度提高煤炭增值税，不但有悖于国家降低企业税负、支持企业发展、提振发展活力的政策导向，也不利于提高煤炭企业可持续发展能力，保障煤炭安全稳定供应，更不利于保证煤矿安全投入，促进煤矿安全生产形势的稳定好转和解决大中型煤炭企业的历史遗留问题，维护矿区社会稳定。”
姜智敏认为，国务院综合管理部门要统筹考虑煤炭企业税费负担和行业间税负水平，研究符合我国煤炭资源开采特点的税费结构，推进税费合一，公平煤炭企业税负。对煤炭开采企业继续执行13%的增值税率，或对煤炭企业新增增值税额给予先征后返政策。特别是在当前金融危机对我国经济影响加深，国民经济下行压力加大，煤炭需求下降、价格下滑，企业收益降低，以及在没有研究确定煤炭总体税费水平的情况下，暂缓出台有关增加煤炭成本费用的政策和措施。
